On myös kolmansien osapuolten ilmaisia ​​ja avoimen lähdekoodin pelaajia, joita Oxford Nanopore ei ole kehittänyt.

Erityisen huomionarvoista on Chiron, joka antoi parhaan korjaamattoman kokoonpanotunnuksen. Ryan Wickin testaamien peruspuhelijoiden joukossa. Se on hitaampi kuin Albacore, mutta näyttää olevan muokattavampi, ja teoreettisesti sitä voidaan käyttää minkä tahansa sähköisessä signaalissa havaittavan DNA-ominaisuuden mallintamiseen eikä vain A / C / G / T-perussekvenssiin.

Siellä on paperi Chironista BiorXivissa.

Ensinnäkin - kyllä, voit luoda FAST5-tiedostoja ja basecallia myöhemmin. Basecalling sekvenssiajon aikana on hyödyllistä, jos haluat tuloksia nopeammin. Halutessasi voit myös kutsua FAST5-tiedostosi useilla basecallereilla.

Basacall-soittamista on tällä hetkellä useita tapoja:

1. MinKNOW
2. Albacore
3. Guppy

MinKNOW käyttää upotettua Albacore-versiota suorittaakseen basecall-kutsunsa. MinKNOW-versio jää kuitenkin toisinaan jäljessä julkaistusta Albacore-versiosta.

Guppy on GPU: lla parannettu basecaller, eikä ONT ole vielä julkaissut sitä. Sitä käytetään oletusarvoisesti Ruudukossa. Tulokset ovat samanlaisia, mutta eivät identtisiä Albacoren kanssa, mutta Guppy on paljon nopeampi, jos sinulla on tuettu GPU.

Aiemmin Metrichorissa oli pilviversio basecallingista, mutta tämä ei ole enää käytettävissä, ja kaikki basecalling on nyt suoritettava paikallisesti.

Ehdotan, että tarkastellaan Ryan Wickin vertailua käytettävissä olevista tukiasemistajista, koska hän on tehnyt kattavan ilmeen (lähinnä laadullisesta näkökulmasta) ) eri basecallersissa.

Joulukuussa 2018 kannattaa ottaa huomioon kaksi asiaa:

1. Albacore on poistettu käytöstä (mutta on silti saatavilla Nanopore-kehittäjäportaalista).

2. Guppy on aktiivisesti kehitteillä, joten Ryan Wickin vertailut eivät välttämättä kuvasta asioiden nykytilaa. (Väite on, että Guppyn nykyinen, juuri julkaistu versio käyttää uutta flip-flop-algoritmia, joka parantaa Albacore-tarkkuutta.)

3. MinKnow sisältää nykyisen version tuotannon basecaller. Tämänpäiväisestä julkaisusta lähtien tämä on siirtynyt Albacoresta Guppyksi. Halutessasi voit suorittaa MinKnow-sovelluksen bascalling-tapahtumallesi (joka toimii Guppy-ohjelmalla), mutta todennäköisesti tarvitset lihavan tietokoneen, jolla on pääsy hyvään määrään tallennustilaa.

Ehdotan, että suoritat MinIONin paikallisesta järjestelmästäsi riippuen MinION ilman paikallista basall-soittoa ja suoritat basecall myöhemmin käyttämällä Albacore-palvelinta palvelimessa / klusterissa. Tämä pitää nanohuokosetietokoneesi varastointivaatimukset alhaisina. Onko valkotonnia tuottavia fastq-tiedostoja, jotka ovat kunnossa tyypillisissä sovelluksissa. Säilytä fast5-tiedostot toistamaan basecalling uudempien basecallers-versioiden kanssa ja kutsumaan nukleotidimuutoksia.