Keräsin tämän pienen komentosarjan käyttämällä KEGG-sovellusliittymää:

  #! / usr / bin / env python3import urllib.requestimport reimport syspathway = 'hsa00010' # glycolysisurl = "http://rest.kegg.jp/get/" + polku ja urllib.request.urlopen (url) muodossa f: lines = f.read (). decode (' splitfiles () want = 0 riville rivillä: kentät = line.split () ## Geeniluettelo alkaa tästä, jos kentät [0] == 'GENE': want = 1 ## Rivi GENE: n kanssa on erilainen tuloste (kentät [2] .rstrip (';')) ## Saavutimme tiedoston seuraavan osan elif want == 1 ja re.match ('^ \ S', rivi): sys.exit (); ## Olemme edelleen geeniluettelossa, jos haluat == 1 ja len (kentät) >1: print (kentät [1] .rstrip (';'))  

käyttämällä togows: n REST-sovellusliittymää: voidaan hakea jeg-rakenne kegg-reittiin liittyvistä geeneistä. esim .: http://togows.org/entry/kegg-pathway/hsa00010/genes.json

  [{"3101": "HK3; heksokinaasi 3 [ KO: K00844] [EC: 2.7.1.1] "," 3098 ":" HK1; heksokinaasi 1 [KO: K00844] [EC: 2.7.1.1] "," 3099 ":" HK2; heksokinaasi 2 [KO: K00844] [EC: 2.7.1.1] "," 80201 ":" HKDC1; heksokinaasidomeeni, joka sisältää 1 [KO: K00844] [EC: 2.7.1.1] "," 2645 ":" GCK; glukokinaasi [KO: K12407] [EC: 2.7.1.2] "," 2821 ":" GPI; glukoosi-6-fosfaatti-isomeraasi [KO: K01810] [EC: 5.3.1.9] "," 5213 ":" PFKM; fosfofruktokinaasi, lihas [KO: K00850] [EC : 2.7.1.11] "," 5214 ":" PFKP; fosfofruktokinaasi, verihiutaleet [KO: K00850] [EC: 2.7.1.11] "," 5211 ":" PFKL; fosfofruktokinaasi, maksatyyppi [KO: K00850] [EC: 2.7.1.11] "," 2203 ":" FBP1; fruktoosi-bisfosfataasi 1 [KO: K03841] [EC: 3.1.3.11] "," 8789 ":" FBP2; fruktoosi-bisfosfataasi 2 [KO: K03841] [EY: 3.1.3.11] "," 230 ":" ALDOC; aldolaasi, fruktoosi-bisfosfaatti C [KO: K01623] [EC: 4.1.2.13] "," 226 ":" ALDOA; aldolaasi, fruktoosi-bisfosfaatti A [KO: K01623 ] [EY: 4.1.2.13] ", "229": "ALDOB; aldolaasi, fruktoosi-bisfosfaatti B [KO: K01623] [EC: 4.1.2.13] "," 7167 ":" TPI1; triosefosfaatti-isomeraasi 1 [KO: K01803] [EC: 5.3.1.1] "," 2597 ":" GAPDH; glyseraldehydi-3-fosfaattidehydrogenaasi [KO: K00134] [EC: 1.2.1.12] "," 26330 ":" GAPDHS; glyseraldehydi-3-fosfaattidehydrogenaasi, spermatogeeninen [KO: K10705] [EC: 1.2.1.12] "," 5232 ":" PGK2; fosfoglyseraattikinaasi 2 [KO: K00927] [EC: 2.7.2.3] "," 5230 ":" PGK1; fosfoglyseraattikinaasi 1 [KO: K00927] [EC: 2.7.2.3] "," 5223 ":" PGAM1; fosfoglyseraattimutaasi 1 [KO: K01834] [EC: 5.4.2.11] "," 5224 ":" PGAM2; fosfoglyseraattimutaasi 2 [KO: K01834] [EC: 5.4.2.11] "," 441531 ":" PGAM4; fosfoglyseraattimutaasiperheen jäsen 4 [KO: K01834] [EC: 5.4.2.11] "," 2027 ":" ENO3; enolaasi 3 [KO: K01689] [EC: 4.2.1.11] "," 2026 ":" ENO2; enolaasi 2 [KO: K01689] [EC: 4.2.1.11] ",
"2023": "ENO1; enolaasi 1 [KO: K01689] [EC: 4.2.1.11]", "5315": "PKM; pyruvaattikinaasi, lihas [KO: K00873] [EC: 2.7.1.40]", "5313 ":" PKLR; pyruvaattikinaasi, maksa ja RBC [KO: K12406] [EC: 2.7.1.40] "," 5161 ":" PDHA2; pyruvaattidehydrogenaasi alfa 2 [KO: K00161] [EC: 1.2.4.1] ", "5160": "PDHA1; pyruvaattidehydrogenaasi alfa 1 [KO: K00161] [EC: 1.2.4.1]", "5162": "PDHB; pyruvaattidehydrogenaasi (lipoamidi) beeta [KO: K00162] [EC: 1.2.4.1] "," 1737 ":" DLAT; dihydrolipoamidi-S-asetyylitransferaasi [KO: K00627] [EC: 2.3.1.12] "," 1738 ":" DLD; dihydrolipoamididehydrogenaasi [KO: K00382] [EC: 1.8.1.4] ", "160287": "LDHAL6A; laktaattidehydrogenaasi A, kuten 6A [KO: K00016] [EC: 1.1.1.27]", "92483": "LDHAL6B; laktaattidehydrogenaasi A, kuten 6B [KO: K00016] [EC: 1.1.1.27] "," 3939 ":" LDHA; laktaattidehydrogenaasi A [KO: K00016] [EC: 1.1.1.27] "," 3945 ":" LDHB; laktaattidehydrogenaasi B [KO: K00016] [EC: 1.1.1.27] ", "3948": "LDHC; laktaattidehydrogenaasi C [KO: K00016] [EC: 1.1.1.27]", "124": "ADH1A; alkoholideh ydrogenaasi 1A (luokka I), alfa-polypeptidi [KO: K13951] [EC: 1.1.1.1] "," 125 ":" ADH1B; alkoholidehydrogenaasi 1B (luokka I), beeta-polypeptidi [KO: K13951] [EC: 1.1.1.1] "," 126 ":" ADH1C; alkoholidehydrogenaasi 1C (luokka I), gamma-polypeptidi [KO: K13951] [EC: 1.1.1.1] "," 131 ":" ADH7; alkoholidehydrogenaasi 7 (luokka IV), mu- tai sigma-polypeptidi [KO: K13951] [EC: 1.1.1.1] "," 127 ":" ADH4; alkoholidehydrogenaasi 4 (luokka II), pi-polypeptidi [KO: K13980] [EC: 1.1.1.1] "," 128 ":" ADH5; alkoholidehydrogenaasi 5 (luokka III), ki-polypeptidi [KO: K00121] [EC: 1.1.1.1 1.1.1.284] "," 130 ":" ADH6; alkoholidehydrogenaasi 6 (luokka V) [KO: K13952] [EC: 1.1.1.1] "," 10327 ":" AKR1A1; aldo-keto-reduktaasiperheen 1 jäsen A1 [KO: K00002] [EC: 1.1.1.2] "," 217 ":" ALDH2; aldehydidehydrogenaasi 2 -perhe (mitokondriot) [KO: K00128] [EC: 1.2.1.3] "," 224 ":" ALDH3A2; aldehydidehydrogenaasi 3 -perheen jäsen A2 [KO: K00128] [EC: 1.2.1.3] ",
"219": "ALDH1B1; aldehydidehydrogenaasi 1 -perheen jäsen B1 [KO: K00128] [EC: 1.2.1.3]", "501": "ALDH7A1; aldehydidehydrogenaasi 7 -perheen jäsen A1 [KO: K14085] [EC: 1.2. 1.3 1.2.1.8 1.2.1.31] "," 223 ":" ALDH9A1; aldehydidehydrogenaasi 9 -perheen jäsen A1 [KO: K00149] [EC: 1.2.1.3 1.2.1.47] "," 221 ":" ALDH3B1; aldehydidehydrogenaasi 3 perheenjäsen B1 [KO: K00129] [EC: 1.2.1.5] "," 222 ":" ALDH3B2; aldehydidehydrogenaasi 3 perheenjäsen B2 [KO: K00129] [EC: 1.2.1.5] "," 220 ":" ALDH1A3 ; aldehydidehydrogenaasin 1 perheenjäsen A3 [KO: K00129] [EC: 1.2.1.5] "," 218 ":" ALDH3A1; aldehydidehydrogenaasin 3 perheenjäsen A1 [KO: K00129] [EC: 1.2.1.5] "," 84532 ":" ACSS1; asyyli-CoA-syntetaasin lyhytketjuinen perheenjäsen 1 [KO: K01895] [EC: 6.2.1.1] "," 55902 ":" ACSS2; asyyli-CoA-syntetaasin lyhytketjuinen perheenjäsen 2 [KO: K01895] [ EC: 6.2.1.1] "," 130589 ":" GALM; galaktoosimutarotaasi [KO: K01785] [EC: 5.1.3.3] "," 5236 ":" PGM1; fosfoglukomutaasi 1 [KO: K01835] [EC: 5.4. 2.2] "," 55276 ":" PGM2; fosfogluk omutaasi 2 [KO: K15779] [EC: 5.4.2.7 5.4.2.2] "," 2538 ":" G6PC; glukoosi-6-fosfataasin katalyyttinen alayksikkö [KO: K01084] [EC: 3.1.3.9] "," 57818 ":" G6PC2; glukoosi-6-fosfataasin katalyyttinen alayksikkö 2 [KO: K01084] [EC: 3.1.3.9] "," 92579 ":" G6PC3; glukoosi-6-fosfataasin katalyyttinen alayksikkö 3 [KO: K01084] [EC: 3.1.3.9] "," 83440 ":" ADPGK; ADP: stä riippuvainen glukokinaasi [KO: K08074] [EC: 2.7.1.147] "," 669 ":" BPGM; bisfosfoglysereraattimutaasi [KO: K01837] [EC: 5.4.2.11 5.4.2.4] "," 9562 ":" MINPP1; moninkertainen inositoli-polyfosfaattifosfataasi 1 [KO: K03103] [EC: 3.1.3.80 3.1.3.62] "," 5105 ":" PCK1; fosfoenolipyruvaattikarboksikinaasi 1 [KO: K01596] [EC: 4.1.1.32] "," 5106 ":" PCK2; fosfoenolipyruvaattikarboksikinaasi 2, mitokondriot [KO: K01596] [EC: 4.1.1.32] "}]  

Biostarsin vastaukset:

GeneSCF 'prepar_database' -moduuli purkaa kaikki reitit vastaavilla geeneillä yksinkertaisina taulukkomuotoina pelkkänä tekstitiedostona. Tarkista toimitettu linkki '' Kaksivaiheinen prosessi '' (alaotsikko) (ensimmäinen vaihe tekee työsi).

Voit käyttää KEGG REST -sovellusliittymää geenin purkamiseen. nimet polulta. Python-pyyntökirjastoa voidaan käyttää REST-puheluiden soittamiseen KEGG REST -sovellusliittymään ja kyselytietoihin. Seuraa tätä opetusohjelmaa, jos olet aloittelija Python-ohjelmointi- ja REST-verkkopalveluissa.