Mikä on hyvä ontologia huumeiden nimille?

Algy Taylor

2017-11-17 17:36:10 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Minulla ... ... >

Haluan ...

Varastoida huumeiden nimet tavalla, joka ei tee elämästäni vaikeaa
Jos se on mahdollista, tee niistä niin, että voisit luoda yhteys HPO-termien, lääkkeiden, geneettisten muutosten ja tulosten välillä. Huomaa, että en yritä aktiivisesti tehdä sitä, mutta en halua sulkea pois sen mahdollisuutta tulevaisuudessa

Ihannetapauksessa haluaisin kuten nuo lääkenimet jonkinlaisessa ontologiassa, ja vielä paremminkin ontologia, joka on saatavana osoitteesta http://bioportal.bioontology.org

Joten - mikä on paras huumeiden ontologia käytetäänkö tässä tapauksessa?

Päivitä

Mitä suhteita tämä huumeiden ontologia kuvailisi? Yhdisteiden rakenteellinen samankaltaisuus? Vaikuttavat reitit? Kuinka ne yhdistettäisiin? Haluatko esimerkiksi linkittää kaikki lääkkeet, jotka voivat aiheuttaa saman sivuvaikutuksen? Tai kaikki lääkkeet, joita voidaan käyttää samaan tautiin? Lääkkeet taudin mukaan olisivat hyödyllisimpiä. Hyödyllisimmät tiedot olisivat esimerkiksi

Atenololi
- Atenololi 25 mg
- Atenololi 50 mg
- 100 mg atenololia
Propanololi
- 10 mg propanololia
- 40 mg propanololia
- 80 mg propanololia
- ...

Lyhyesti sanottuna mahdollisuus saada luettelo tietyn lääkkeen annoksista. Se olisi erityisen hyödyllistä, jos voisin myös hakea joukon lääkkeitä tietylle tilalle, joten yllä olevassa esimerkissä haetaan luettelo beetasalpaajista (Atenolol, Metoprolol, Nebivolol, ...)

Oletko tarkastellut jotakin sivustossa bioportal.bioontology.org luetelluista huumeiden ontologioista? Mitkä olet hylännyt, joten emme ehdota samoja? Mitä heiltä puuttui, mitä tarvitset?

MDDB ei näytä olevan rakenteeltaan kuten yllä
Samoin huumeiden ontologia
RxNorm näyttää olevan paras saatavilla oleva, mitä olen nähnyt

Mitä suhteita tämä huumeiden ontologia kuvailisi? Yhdisteiden rakenteellinen samankaltaisuus? Vaikuttavat reitit? Kuinka ne yhdistettäisiin? Haluatko esimerkiksi linkittää kaikki lääkkeet, jotka voivat aiheuttaa saman sivuvaikutuksen? Tai kaikki lääkkeet, joita voidaan käyttää samaan tautiin? Oletko katsonut jotain http://bioportal.bioontology.org luetelluista huumeiden ontologioista? Mitkä olet hylännyt, joten emme ehdota samoja? Mitä heiltä puuttui, mitä tarvitset?

@terdon - lisäsi kysymykseen lisätietoja, toivottavasti se vastaa kysymyksiisi. Pahoittelut joissakin vastauksissani olevasta vähäisestä epämääräisyydestä, syy on puhtaasti siksi, että en tiedä - minulle se on melkein * vain suosikkikilpailu siitä, mikä on minulle paras!

Asia on, emme todellakaan tee niin laajoja kysymyksiä Stack Exchange -verkossa. Niille on jopa erityinen läheinen syy ("liian laaja"), joten tämä ei ole oikea paikka pyytää yleistä keskustelua eduista ja haitoista. Voimme ehkä auttaa sinua * tietyssä * tapauksessa, mutta emme "parhaana", joka on vain ensisijainen kysymys ja riippuu siitä, mitä haluat tehdä. Mikä on parasta sinulle, ei ehkä ole parasta minulle. Joten tee siitä mahdollisimman tarkka.

@terdon - muutti sanamuotoa, onko se parempi? :)