TW93
2018-02-01 23:05:44 UTC
Onko olemassa jo olemassa olevaa työkalua, joka korjaa ATE-tiedoston numeroinnin?
Ensinnäkin haluaisin numeroida jäännökset insertteihin, jotta icode olisi todellinen jäännös ketjussa (tarkoitan sitä, että se on oma numero, siirtää kaiken sen jälkeen, joten 45A: sta tulee 46).
Toiseksi haluaisin myös numeroida uudelleen niin, että jokainen jäännös on yksi toisensa jälkeen, koska numeroinnissa on hyppyjä huolimatta siitä, että kaksi tähdettä ovat fyysisesti vierekkäin.
Voisin tehdä tämän yrityksen sisällä python-komentosarjalla, mutta ajattelin kysyä tarkalleen, onko olemassa kirjastoa tai olemassa olevaa työkalua?
Pahin tapaus, jonka olen löytänyt tämä Perlin komentosarja, joka toimii samankaltaisesti.
Kiitos.
"tee icodista ketjun todellinen jäännös" - jotain sekoitetaan tässä. Lisäyskoodi on osa jäännöstunnusta yhdessä järjestysnumeron kanssa.
@marcin Kyllä pahoillani, että olet oikeassa, mutta esimerkiksi kun käytetään biopython PDB: tä FASTA-jäsentimeen, sitä ei tunnisteta ja ketju katkaistaan täältä. Joten minun on joko jätettävä se huomiotta (kuten olen tällä hetkellä) tai vaihdettava se arvoista 1, 2, 3, 3A, 4 arvoon 1, 2, 3, 4, 5.
@TW93 Haluat melkein varmasti jättää ne huomiotta tai käsitellä niitä erikseen. Ne * yleensä * edustavat erilaisia villityyppejä / isoformeja. Esim. sama proteiini eri lajeissa, joka sisältää pieniä sekvenssivaihtoehtoja! Jos sisällytät saman jäännöksen kahdesti tai enemmän, se tietysti aiheuttaa steerisiä yhteenottoja ja sekoittaa kaikki suorittamasi laskelmat!
Mielestäni lisäyskoodin ja vaihtoehtoisen sijaintitunnuksen välillä on sekaannus. Insertiokoodit mahdollistavat yhdenmukaisen numeroinnin hieman erilaisten sekvenssien proteiinien välillä, mutta kaikki, jolla on ainutlaatuinen jäännöstunnus (jäännösnumero ja insertiokoodi), on ketjussa erillinen jäännös, eikä sitä voida sivuuttaa. OP: n esittämä kysymys on siten pätevä. Et halua olla useita tähteitä samalla jäännöstunnuksella, mutta erilaiset vaihtoehtoiset sijaintitunnukset numeroidaan uudelleen, mutta se ei ollut kysymys.