Käytin äskettäin gffcompare -toimintoa verratakseni äskettäin koottua ja julkaistua transkriptiota. Luokkakoodin "p" transkriptiot ovat "mahdollisia polymeraasia ajettavia".
Mitä se tarkoittaa? Yritin kovasti, mutta en silti löydä vastausta.
Useimmilla koodaavilla geeneillä (lukuun ottamatta replikaatiosta riippuvia histonigeenejä) Transkriptiot (toisin kuin transkriptio -ioni ) päättyvät pilkkoutumispolyadenylaatiokohdilla, joissa kasvava transkriptio katkaistaan proteiinikompleksilla ja poly-A-hännällä. PolII kuitenkin jatkaa transkriptiota, kunnes torpedon päättäminen lopettaa sen (katso täällä). Normaalisti tämä ylimääräinen RNA sen jälkeen, kun polyrn-kohta on hajonnut Xrn2: lla, mutta jos otat minkä tahansa tietyn tilannekuvan RNA: sta solussa kerralla, on pieni määrä, joka vastaa tätä transkriptiota.
Käynnissä olevan fragmentin takana on taustamelu. Tämä johtuu genomin avoimesta alueesta, joka on tosiasiallisesti transkriptoitavan alueen vieressä. Siten kaikki transkriptiokoneistot ovat jo läsnä, joten jos alue omaksuu hieman enemmän avointa konformaatiota, niin koneisto voi satunnaisesti sitoutua ja aloittaa transkriptoinnin. Voit saada ne joko ylä- tai alavirtaan geenejä. Monet tällaiset asiat ovat vain taustakuvausta.