Kysymys:
Y kromosomi tasattu Lukee scATAC-seq-tietoja naisista peräisin olevasta solulinjasta?
OrdiNeu
2017-07-07 17:52:14 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Työskentelen scatac-seq-tietojen kanssa K562-solulinjassa, jonka oletetaan olevan peräisin naispotilasta. Seuraamalla scATAC-seq-tietojen analysointiputkistoa, bowtie-linjauksen jälkeen he suosittelevat kaikkien mitokondrioiden DNA: han ja Y-kromosomiin kohdistettujen lukujen suodattamista.

Uteliaisuudesta päätin laskea kuinka monta lukua kohdistuu chrY: hen ja huomasi, että se voi olla melko korkea - chrY: llä on noin 10% yhtä monta lukua kuin vastaavan kokoisella kromosomilla (chr19 hg19: ssä).

Onko lukujen löytäminen normaalia kartoitetaan chrY: hen, kun solulinja on peräisin naisesta, vai sotkuinko jotenkin?

üks vastaus:
bli
2017-07-07 17:58:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

X an Y-kromosomien välillä on homologisia alueita: https://fi.wikipedia.org/wiki/Pseudoautosomal_region

Siksi on normaalia, että jotkut naiset ovat peräisin lukee kartoitusta Y-kromosomissa.

Sinun pitäisi todennäköisesti tarkistaa, kuinka suuri osa tällaisista lukemista kuuluu muihin Y-kromosomin osiin kuin pseudoautosomaalisiin alueisiin.

Tämä on se - huomasin juuri, että merkittävin huippu vastaa PRKY: tä, peudogeenia pseudoautosomaalisella alueella, joka on samanlainen kuin PRKX. Kaikki chrY-lukemani eivät olleet pseudoautosomaalisia, mutta kaikki MACS2-kutsumani huiput olivat. Kiitos!


ⓘ
Tämä Q & A käännettiin automaattisesti englanniksi.Alkuperäinen sisältö on saatavilla stackexchange-palvelussa, jota kiitämme cc by-sa 3.0-lisenssistä, jolla sitä jaetaan.
Loading...