Kysymys:
Työkalut Oxford Nanopore -lukujen simulointiin
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Onko käytettävissä ilmaisia ​​avoimen lähdekoodin ohjelmistotyökaluja Oxford Nanopore -lukujen simulointiin?

Mitä aiot simuloida dataa? Mielestäni, kun otetaan huomioon runsaasti julkisesti saatavilla olevia todellisia aineistoja, simulointia ei tarvita juurikaan, paitsi hyvin erityisissä käyttötapauksissa.
Usein on hyödyllistä simuloida muunnos tai jokin muu genominen artefakti sen arvioimiseksi, pystyykö työkalu tai työkalusarja tunnistamaan artefaktin oikein. Tämä on paljon helpompaa tehdä simuloiduilla tiedoilla, jos tiedät tarkan vastauksen, ja on erittäin arvokasta, vaikka simuloidut tiedot eivät kuvastaisikaan täydellisesti todellisia tietoja.
Neljä vastused:
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Olen sattumalta juuri tänään kuullut nanohuokoslukusimulaattorista NanoSim. Se julkaistaan ​​GPL-lisenssillä. En kuitenkaan ole koskaan käyttänyt sitä ...

Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Erityisesti Oxford Nanoporeen suunnitellut simulaattorit:

Yleisesti pitkään luetut simulaattorit:

Kattava luettelo olemassa olevat lukusimulaattorit, katso diplomityöni sivu 15, Uudet laskennalliset tekniikat seuraavan sukupolven sekvensointitietojen kartoittamiseksi ja luokittelemiseksi .

burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jo mainittujen NanoSim -palvelun lisäksi on olemassa myös SiLiCO ja ReadSim (vaikka niitä ei ole päivitetty yli 2 vuoden ajan , joten en ole varma kuinka relevantti se on tässä vaiheessa ottaen huomioon, kuinka nopeasti tekniikka etenee).

gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Paras nanohuokosinen lukusimulaattori yhdistettäisiin parhaisiin tukisoittajiin. Jotta tukisoittaja voi tehokkaasti mallintaa DNA-juosetta, sen on otettava huomioon odotettavissa oleva taustalla oleva sähkömalli yhdessä siihen liittyvän signaalikohinan kanssa (sekä aika- että amplitudidimensiossa). Teoriassa pitäisi olla mahdollista kääntää algoritmi ja luoda sähköinen signaali, joka annetaan alla olevalle sekvenssille.

Valitettavasti en ole tietoinen työkaluista, jotka yrittäisivät simuloida nanohuokoslukuja sähköisellä tasolla. Kaikkien "nanohuokosien lukusimulaattoreiden", jotka keskittyvät vain tukisekvenssiin, tulisi kattaa kaikki olemassa olevat tukiasemaohjelmistomallit, mikä on mahdotonta tehtävää (varsinkin kun otetaan huomioon, kuinka nopeasti ONT päivittää omat tukisoittajansa).



ⓘ
Tämä Q & A käännettiin automaattisesti englanniksi.Alkuperäinen sisältö on saatavilla stackexchange-palvelussa, jota kiitämme cc by-sa 3.0-lisenssistä, jolla sitä jaetaan.
Loading...