EB2127
2018-12-04 20:40:04 UTC
Olen käyttänyt kohdistusta bwa mem -a -toiminnolla käyttämällä -a -lippua --- tämä
-lähtö kaikki tasaukset SE: lle tai parittamattomalle PE: lle
Olen huomannut SAM: ssä, että SEQ -kohdassa on useita kohdistuksia * : lla ja QUAL -kentät. Asiakirjojen perusteella:
- SEQ: segmentti SEQuence. Tämä kenttä voi olla ”*”, kun jaksoa ei ole tallennettu. Jos se ei ole *, sekvenssin pituuden on oltava yhtä suuri kuin C / C / M / I / S / = / X-operaatioiden pituuksien summa. ‘=’ Tarkoittaa, että emäs on identtinen vertailupohjan kanssa. Kirjainkokouksista ei voida tehdä oletuksia.
- QUAL: ASCII peruslaadusta plus 33 (sama kuin laatumerkkijono Sanger FASTQ -muodossa). Peruslaatu on phred-skaalattu perusvirhetodennäköisyys, joka on yhtä suuri kuin −10 log10 Pr {base on väärä}. Tämä kenttä voi olla ”*”, kun laatua ei ole tallennettu. Jos se ei ole *, sekvenssi ei saa olla * ja laatumerkkijonon pituuden pitäisi olla yhtä suuri kuin sekvenssin.
näyttää siltä, että sekvenssi ei ole ei ole tallennettu.
Haluaisin ehdottomasti, että sekvenssi olisi tässä tapauksessa. Onko mitään ohjattavaa bwaa tuottamaan nämä sekvenssit?
Tiedätkö, että monet näistä tietueista ovat toissijaisia / täydentäviä kohdistuksia? Edellyttääkö työnkulku / malli näitä kohdistuksia / hyötyvätkö niistä ja käsittelevätkö ne oikein?
@DanielStandage "Tiesitkö, että monet näistä tietueista ovat toissijaisia / täydentäviä kohdistuksia?" Joo. "Edellyttääkö työnkulusi / mallisi näitä kohdistuksia / hyötyvätkö niistä ja käsittelevätkö ne oikein?" Etu, kyllä.