719016
2017-05-26 18:23:01 UTC
Käytän samtools mpileup -ohjelmaa (v1.4) bam-tiedostossa, jonka peittoaste on erittäin epätasainen (ChIP-seq-tyylitiedot). Haluan saada ensikierrosluettelon SNV: llä varustetuista paikoista ja niiden taajuudesta, kuten lukumäärät ilmoittavat, mutta riippumatta siitä mitä teen, saan kaikki SNV: t suodatetuksi siten, että ne eivät läpäise laadunvalvontaa.
Mitä maaginen parametri, joka on asetettu SNV: iden ja taajuuksien alkuperäiselle luettelolle?
MUOKKAA: tämä on kysymys, jonka lähetin "toinen" -sivustolle, mutta en saanut vastausta siihen.
Voisitko kokeilla toista soittajaa vain tarkistaa? Jotain [varscan] (http://dkoboldt.github.io/varscan/)?
@nuin Voin kokeilla sitä, salliko varscan sammuttaa suodatuksen?
Voisitko lisätä esimerkkejä kokeilemistasi komennoista?
@719016 Kokeile tätä [komento] (http://dkoboldt.github.io/varscan/using-varscan.html#v2. 3_pileup2snp) ja muuta asetuksia, kuten _-- min-kattavuus _, _-- min-reads2_ ja _-- min-avg-qual_. Tämä auttaa myös tarkistamaan, liittyykö ongelmasi samtooliin vai BAM-tiedostoon
olen vain hieman huolissani siitä, että jos syvyys ei ole suuri ja myös ChIP-Seq-tiedoilla on ennakkoluuloja, se ei ole kovin luotettavia SNP: itä. HC SNP: n koko kohta on myös lukusyvyys, joka ei ole niin paljon perinteisessä ChIP-Seq: ssä
Kyllä, ehkä kutsuminen tulisi rajoittaa lähellä huippukokouksia, vertaa sitten näyte näihin tällaisten SNV: iden osajoukkoon