Sara
2017-06-30 18:19:18 UTC
Minulla on joitain proteiinisekvenssejä ja haluan rakentaa heille sijaintikohtaisen pisteytysmatriisin (PSSM) ja ladata tämän PSSM: n NCBI PSI-BLAST -palveluun. Käytin CHAPS -ohjelmaa tähän oppilaseen, mutta lähdön PSSM lataaminen antoi minulle virheen NCBI PSI-BLAST -ohjelmassa. Tiedätkö mitään työkalua tai verkkopalvelinta PSSM: ien saamiseksi proteiinisekvenssiryhmälle, joka voi sitten toimia NCBI PSI-BLAST -ohjelmassa? Tämä on osa PSSM-tiedostoni:
PssmWithParameters :: = { pssm {isProtein TOSI, numRivit 28, numSarakkeet 131, byRow EPÄTOSI, kyselyn seuraavissa {id {muut {liittymistä "WP_000208753"}}, inst {repr raaka, mol aa, pituus 131, seuraavissa-data ncbieaa "MTTKRKPYVRPMTSTWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFIDFLQNPVIVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVALYW"}}, intermediateData {freqRatios {{0, 10, 0}, {564418841, 10, -10}, {0, 10, 0}, {11768571, 10, -9}, {185838265, 10, -10}, {31496547, 10 , -9}, {3872857, 10, -8}, {291750464, 10, -10}, {128450763, 10, -10}, {759856221, 10, -10} , {359173937, 10, -10}, {179865517, 10, -9}, {14537895, 10, -8}, {212921456, 10, -10}, {220554141, 10, -10}, {368516324, 10 , -10}, {319343525, 10, -10}, {426173953, 10, -10}, {463659523, 10, -10}, {817322186, 10, -10}, {811693964, 10, -11}, {0, 10, 0}, {227810064, 10, -10}, {0, 10, 0}, {0, 10, 0}, {0, 10, 0}, {0, 10, 0}, { 0, 10, 0}, {0, 10, 0}, {768325726, 10, -10}, {0, 10, 0}, {1425562, 10, -8},
{372685285, 10, -10}, {466727421, 10, -10}, {185741084, 10, -10}, {427328646, 10, -10}, {122594965, 10, -10},
Minkä virheen se antoi sinulle NCBI PSI-BLAST? Voisitko liittää kuvan tähän käytetyillä vaihtoehdoilla? Mitä olet yrittänyt voittaa tämän ongelman?
Virhe oli: Viestin tunnus # 9 Virhe: PSSM-käsittelyvirhe: Epätäydellinen PSSM syötteessä annetuilla parametreilla: puuttuva pisteet-matriisi
Joten näyttää siltä, että sinun on annettava PSSM tietyssä muodossa, eikä CAPS onnistunut luomaan sitä odotetussa muodossa. Voisitko lähettää PSSM: n tähän (tai esteettömällä tavalla)? Nyt kun etsin apua, en löytänyt mitään viittausta tiettyyn muotoon (vain, että sen pitäisi olla heidän omasta tuotoksestaan ...)
En tiedä tarkalleen, miten PSSM-tiedosto lähetetään tänne. Voisitko ohjata minut tiedoston lataamiseen tähän?
Et voi, mutta voit kopioida sisällön liittämisen tai lisätä linkin dropboxiin tai vastaavaan palvelimeen
@Llopis: n pitäisi olla hieno lähetetty tähän koodina.
@Sara katso [muotoilutyökalut] (https://bioinformatics.stackexchange.com/help/formatting) apua viestien muotoilussa. Tällaisissa asioissa haluat käyttää koodia (`} {}`), joka käyttää kiinteän leveyden fonttia.
Luulen, että voit käyttää erillistä räjähdystä, yksi esimerkki tästä: https://www.biostars.org/p/15482/