On äskettäin julkaistu artikkeli, joka yrittää tehdä tämän:

ISOWN: tarkka somaattisen mutaation tunnistaminen ilman normaalia kudosvalvontaa.

Tässä työssä kuvataan ISOWN: n kehittämistä, toteutusta ja validointia. Tarkka algoritmi syöpäkudosten somaattisten mutaatioiden ennustamiseksi normaalien kudosten puuttuessa. ISOWN on saatavana avoimena lähdekoodina Apache License 2.0 -palvelun kautta osoitteesta https://github.com/ikalatskaya/ISOWN

Olen käyttänyt LoFreq * soittajaa juuri tähän. Se on suunniteltu etsimään muunnoksia, joilla on erittäin matala taajuus, joten se soveltuu hyvin tämän tyyppiseen analyysiin.

LoFreq * (eli LoFreq-versio 2) on nopea ja herkkä muunnossoitin SNV: iden päättelemiseen. ja vetäytyy seuraavan sukupolven sekvensointitiedoista. Siinä hyödynnetään täysin peruspuheluominaisuuksia ja muita sekvensoinnille ominaisia ​​virhelähteitä (esim. Kartoitus tai pohja / indel-kohdistuksen epävarmuus), jotka yleensä jätetään huomiotta muilla menetelmillä tai joita käytetään vain suodattamiseen.

LoFreq * on hyvin herkkä; varsinkin se pystyy ennustamaan keskimääräisen peruspuhelun laadun (ts. sekvensointivirhesuhteen) alapuoliset variantit. Jokaiselle muunnoskutsulle annetaan p-arvo, joka sallii tiukan väärän positiivisen kontrollin. Vaikka siinä ei käytetä likiarvoja tai heuristiikkaa, se on erittäin tehokas useiden ajonaikaisen optimoinnin ansiosta ja tarjoaa myös (näennäisesti) rinnakkaisen toteutuksen.

(Kokemukseni mukaan se ei ole ollenkaan nopeaa , mutta sitä he väittävät).

Olen käyttänyt sitä monta kertaa kutsumakseni somaattisia muunnelmia ituradan soittajalla (eikä sen somaattisella variantilla, joka vaatii tuumorin / normaalin parin). Koska työkalu on niin herkkä, sen ituradan soittaja käsittelee itse asiassa melko hyvin somaattisia näytteitä.

Löydät sen käyttöohjeet täältä.

Kaikki suositut muunnospuhelutyökalut, kuten Strelka, VarScan jne., vaativat normaalin näytteen.

Strelka ja VarScan vaativat normaalin näytteen somaattisessa tilassa, mutta molemmilla on iturata-tila parittamatonta analyysiä varten.

Yksi suosituimmista somaattisten varianttien soittajista on MuTect, joka ei vaadi normaalia.