Yritän muuntaa DNAbin-tiedostot fasta-muotoon. Perustelut: Haluan käyttää fasta-tiedostoa laskemaan ei-synonyymiset / synonyymiset mutaatioasteet.

my_dnabin1 on 55 näytteen DNAbin-tiedosto, ja käytän seuraavaa koodia sen muuntamiseksi fasta-tiedostoksi.

dnabin_to_fasta <- lapply (my_dnabin1, function (x) as.character (x [1: pituus (x)]))) Tämä luo luettelon 55 näytteestä, joka näyttää :

$ SS.11.01

[1] "t" "t" "a" "c" "c" "t" "a" "a" "a" " a "" a "" g "" c "" c "" g "" c "" t "" t "" c "" c "" c "" t "" c "" c "" a "" a " [27] "c" "c" "c" "t" "a" "g" "a" "a" "g" "c" "a" "a" "a" "c" "c" "t "" t "" t "" c "" a "" a "" c "" c "" c "" c "" a "

$ SS.11.02

[ 1] "t" "t" "a" "c" "c" "t" "a" "a" "a" "a" "a" "g" "c" "c" "g" "c" "t" "t" "c" "c" "c" "t" "c" "c" "a" "a" [27] "c" "c" "c" "t" "a" "g "" a "" a "" g "" c "" a "" a "" a "" c "" c "" t "" t "" t "" c "" a "" a "" c "" c "" c "" c "" a "

ja niin edelleen ...

Haluan kuitenkin lähdöksi fasta-muotoisen tiedoston, joka saattaa näyttää tältä:

>SS.11.01 ttacctga

>SS.11.02 ttacctga