Pitkään luetussa kokoonpanossa "kiillotus" viittaa vaiheeseen jatkosekvenssien perustarkkuuden parantamiseksi. Uskon, että terminologia on peräisin HGAP-artikkelista:

Viimeinen konsensusta kutsuva algoritmi Quiver, joka ottaa huomioon kaikki taustalla olevat tiedot ja raaka-arvot luonnostaan ​​SMRT-sekvensoinnille, sitten kiillottaa kokoonpanon lopullisten konsensustarkkuuksien suhteen, jotka ylittävät 99,999% (QV> 50) ...

Pilon julkaistiin yli vuotta myöhemmin, eikä itse asiassa paperissaan tai READMEssa mainita sanaa "kiillottaa".

Muuten "virheenkorjaus" viittaa vaiheeseen sekvensointivirheiden korjaamiseksi raakana lukee, ei jatkossa. Canu / HGAP / Falconissa tämän vaiheen suorittaa pbdagcon tai falcon_sense.

Vastuuvapauslauseke , tämä vastaus perustuu tunteeseen, jonka sain keskusteluista ja papereista, mutta minulla ei ole mitään vahvaa viittausta siihen.

Uskon, että genomin kiillotus on tekniikka, joka otettiin käyttöön pitkien meluisten lukukokoonpanojen yksittäisten alustojen korjaamiseksi - eli SNP: n ja lyhyiden indelien kiinnittäminen. Oikean pohjan arvaaminen pitkistä lukemisista kokoonpanon aikana näyttää olevan hieman monimutkaisempi tehtävä verrattuna lyhyisiin lukukokoonpanoihin, joten se on eristetty erillisiin algoritmeihin, kuten Quiver / Arrow, Nanopolish (korjaus pitkien lukujen avulla) tai mainitsemasi työkalu - Pilon (korjaus lyhyillä lukemilla).

Miss-kokoonpanoja voitiin korjata jo ennen pitkiä lukuja esimerkiksi sovittamalla kokoonpano optiseen kartoitukseen tai työkaluilla, kuten REAPR tai TGnet. En kuitenkaan ole koskaan kuullut termiä "genomin kiillotus", jota käytetään tämän tyyppiseen genominkorjaukseen.