Käytän tavallisesti collapseReplicates (tai romahtaa ylävirtaan) teknisten kopioiden käsittelemiseksi.
Kuitenkin nykyisessä RNA-seq-kokeellisessa suunnittelussa näytteet sekvensoitiin kahdesti käyttämällä erilaisia kirjastojen valmistusprotokollia, mikä johtaa merkittäviin eroihin tuloksena olevissa laskenta-arvioissa (itse asiassa eri protokollan valinta selittää suurimman osan variaatiosta PCA: n mukaisessa massadatassa). Siksi haluaisin mallintaa nämä erot lisäämällä ne kovariaattina DESeq2-malliin.
Voisin vain ajatella, että voisin lisätä suunnittelukauteen toisen tekijän, joka vastaa DESeq2-vinjetissä oleva pasilla-esimerkki, joka lisää tekijän type kirjastotyypille (yksi pää vs. pariliitos). pasilla-vinjettissä todetaan kuitenkin, että nämä erilaiset kirjastot ovat itse asiassa itsenäisiä biologisia kopioita, eivät teknisiä kopioita, kuten olin aiemmin olettanut.
Olen nyt huolestunut siitä, että teknisten jäljennösten suunnittelu voi lisätä keinotekoisesti tehoa. Voiko malli olla pelastettavissa?
On syytä huomata, että meillä myös on biologisia jäljitelmiä ja täydellinen sijoitus; ts. jokainen yhdistelmä hoitoa ja kirjaston valmistelua biologisten kopioiden kanssa.