Kysymys:
Onko tämä ihmisen genomissamme matalan monimutkaisuuden alue?
SmallChess
2018-01-09 12:36:32 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Minulla on kuvakaappaus, jossa monet lukemistani kohdistettiin alueelle, jonka epäilen olevan monimutkainen alue. Vaikka et näe, kaikki nämä lukut ovat leikattu sikarijonoihin. Esimerkkejä sikarijonoista: 64S32M29S, 74S32M18S jne. ... Näin ollen todellinen genomiin kartoitettu sekvenssi on vähemmän kuin luettu pituus.

Minulla on tunne, että suuntaukseni ovat väärät monimutkaisuuden ja leikkauksen takia, mutta en ole varma, onko monimutkaisuus todella pieni. Näen vain muutaman "T" joukon "A": n välissä. Kuinka määritellä pienikompleksinen alue?

K: Onko tämä matalan monimutkaisuuden alue ihmisen hg38-genomissa? Olisiko se reilua, jos ilmoitan " kohdistukset ovat todennäköisesti virheitä johtuen vähäisestä monimutkaisuudesta ja kohdistuksen leikkauksesta "?

enter image description here

Kaksi vastused:
Devon Ryan
2018-01-09 13:51:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kyllä, se on lyhyt matalan monimutkaisuuden alue, joka on kiilautunut SINE: n ja snRNA: n välille. Vielä tärkeämpää on, että kohdistusten MAPQ on 0 (siksi ne ovat täynnä IGV: n valkoista), mikä tapahtuu, jos ne kartoittavat yhtä hyvin useisiin paikkoihin. Jaksoa tarkastelematta voidaan käyttää sitä yksinään selvittämään, että nämä eivät ole luotettavia kartoituksia.

Voi, en tiennyt valkoisesta, mikä tarkoittaa MAPQ = 0. Todella hyödyllinen!
gringer
2018-01-09 13:54:54 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kyllä, tämä on matalan kompleksisuuden alue.

Alueiden katsotaan olevan monimutkaisia ​​(tai niiden sekvenssi on yksinkertainen), kun ne sisältävät runsaasti yhtä emästä tai runsaasti lyhyitä tandem-toistoja. Yksinkertaisin on yhden emäksen (esim. AAAAAAAAAAAAAAAAA ) tandem-toisto, jota kutsutaan myös homopolymeeriksi. Sinun tapauksessasi on 3-yksikköinen tandem-toisto TAAAAA ja ympäröivä As (muutamalla sekoitetulla Ts: llä). Tämän alueen geneettisestä historiasta riippuen saattaa olla, että muut As ja Ts ovat peräisin samasta TAAAAA -yksiköstä, mutta replikoinnin aikana on tapahtunut jonkin verran liukastumista salaisen (ts. Ei-täydellisen) luomiseksi ) toista rakenne.



Tämä Q & A käännettiin automaattisesti englanniksi.Alkuperäinen sisältö on saatavilla stackexchange-palvelussa, jota kiitämme cc by-sa 3.0-lisenssistä, jolla sitä jaetaan.
Loading...