Laura
2019-04-09 16:50:23 UTC
Työni sisältää markkerigeenien / fragmenttien etsimisen metagenomisista tietokannoista (kuten Sequence Read Archive). Kun löydän nämä sekvenssit, haluaisin tietää enemmän viereisestä genomialueesta.
Onko mahdollista, että voisin koota vain sekvenssejä, jotka luovat jatko-osan, joka sisältää kiinnostuksen kohteeni? Contigit, jotka eivät sisällä tätä aluetta, eivät ole minulle hyödyllisiä. Kiinnostava organismini saattaa edustaa vähemmistöä metagenomista, ja kaiken kokoaminen aineistoon käytettäisi paljon laskentatehoa.
Hyvä kysymys! Tiedän, että jotkut mtDNA: n kokoonpanijoista työskentelevät tämän periaatteen mukaisesti - etsivät konservoituneelle mt-geenille kartoitettuja lukuja ja laajentavat sitten sekvenssiä, ehkä voisit säätää yhtä näistä työkaluista.