vcf-merge (tai parempi: bcftools merge ) yhdistää VCF-tiedostojen sarakepohjaisen pohjan ja ottaa jokaiseen muunnokseen periaatteessa uuden genotyyppisarakkeen. Vaikka tällainen toimii, siinä ei oteta huomioon kaikkia tietoja muunnelmista. Yhden VCF-tiedoston alueella voi olla matala peitto, mikä osoittaa poiston, mutta poisto on havaittavissa vain, kun otetaan huomioon muut näytteet, joilla on korkea peittoalue samalla alueella. On myös mahdollista, että INDEL-arvot voidaan määritellä eri tavoin eri näytteissä, mikä edellyttää ylimääräistä bcftools norm -vaihetta vasemmalle normalisoimiseksi ennen yhdistämistä.

Oletetaan, että tämä sarakepohjainen yhdistäminen on mitä haluat (ja jos ei, niin bcftools concat on ystäväsi rivipohjaisessa yhdistämisessä), on parempi uudistaa yhdistetty VCF-tiedosto suoraan monisarakkeisena tiedostona. Yksi tapa tehdä tämä on syöttää kaikki BAM-tiedostot samtools mpileup -ohjelmaan genotyypin todennäköisyyksien luomiseksi, minkä jälkeen tulos syötetään bcftools call -tietoon. Jotain seuraavanlaista:

  samtools mpileup -uf ref.fa in1.bam in2.bam in3.bam | \ bcftools kutsu -mv -O z -o variant_ref_1-3.vcf.gz